税務調査 個人 電子帳簿保存法の対応は問われる？

結論から言うと、問われます。ただ聞かれ方は「法律を守っていますか」ではなく、「その取引の証拠、いま出せますか」に近い。電子帳簿保存法は2024年1月から電子取引データの電子保存が原則として義務になり、調査の場でもデータの所在が確認されます。「メールで届いたPDFの請求書、印刷して原本は捨ててしまった」「クラウド会計に取り込んであるだけで足りるのか」「今から直しても間に合うのか」。そんな心配を、判断できる形に整理します。義務になっている範囲、猶予の取扱い、調査日までにできる現実的な準備を順に並べていきます。制度は改正が続いている分野なので、最新の取扱いは国税庁の公表資料や税理士に確認しながら読み進めてください。

【この記事のポイント】

電子帳簿保存法には「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」「電子取引データ保存」の3つがあり、義務なのは原則として3つ目だけです。税務調査では法令違反そのものを咎めるというより、取引の裏づけを示せるかどうかが焦点になります。この記事では、義務の範囲、猶予措置の考え方、指摘されやすい場面、そして今から間に合う準備を、メリットとデメリットの両面から整理します。

今日のおさらい：要点3つ

• 義務なのは「電子取引データ」の電子保存。メールやネットで受け取った請求書・領収書は、原則データのまま残す取扱いです。紙の領収書をスキャンする対応は任意にとどまります。
• 調査で見られるのは形式より「出せるかどうか」。日付・金額・取引先で目的のデータにたどり着けるか、が実務上の分かれ目になります。
• 相当の理由があれば猶予の取扱いがある。ただし免除ではなく、データの提示・提出に応じられることが前提です。詳細は要確認。

この記事の結論

一言でいうと、電子帳簿保存法への対応は「調査の主役ではないが、足を引っ張ることはある」論点です。最も重要なのは、保存方法の形式的な正しさより、聞かれた取引のデータを短時間で示せる状態にしておくこと。ケースによりますが、データが出てこない状況が続くと、経費の裏づけが弱いと見られやすくなります。

現場事例：データが出せるかどうかで空気が変わった2つの場面

正直なところ、この論点で最初から慌てる方は多くありません。問題になるのは、調査が始まって「その請求書、元のデータを見せてください」と言われた瞬間です。

事例①：ネット広告費が大きい個人事業主のケース。広告費の明細はすべて管理画面からのダウンロードで、紙は一枚もありませんでした。当日、支払先ごとの明細を求められたものの、ログイン情報が分からず、その場では出せませんでした。後日改めて提出して落ち着きましたが、その数日間、本人は「経費が丸ごと否認されるのでは」と眠れなかったといいます。実際には金額そのものより、出せないという事実が話を長引かせただけでした。

事例②：メールで請求書を受け取っていた建設関係の方のケース。受信したPDFは都度印刷し、紙で綴じて元のメールは削除していました。よくあるのが、この「紙にしたから安心」という運用です。紙の綴りは整っていたので取引内容の説明はできましたが、電子取引データの保存の考え方から外れているため、今後の運用を改める必要がありました。その場で追徴につながったわけではありません。ただ、質問が増えれば当日の時間は延びます。この2件に共通するのは、争点が「保存方法の是非」ではなく「証拠を示せるか」に集約されたことです。

現場の声：「法律の名前は知っていたけど、自分に関係あるとは思っていなかった。データがすぐ出せるかどうか、それだけの話だったんですね」——調査後に運用を見直した個人事業主の方の一言です。

電子帳簿保存法の3区分と、義務になっている範囲

任意の2つと、原則義務の1つ

実は、この法律は一枚岩ではありません。1つ目の電子帳簿等保存は、会計ソフトで作った帳簿や決算書をデータのまま保存するもので、採用するかは任意です。一定の要件を満たす「優良な電子帳簿」として届け出ておくと、後から誤りが見つかった際の過少申告加算税が軽くなる取扱いがあります。国税庁の案内では軽減幅は5%とされていますが、適用の可否は事情によるため目安として捉えてください。2つ目のスキャナ保存は、紙で受け取った領収書を画像にして保存する制度で、これも任意です。やらなくても不利にはなりません。そして3つ目の電子取引データ保存が、原則として義務にあたる部分です。

「電子取引」に当たるのは、どんなやり取りか

判断はシンプルで、取引情報を紙以外でやり取りしたものが該当します。メールに添付された請求書、ネット通販の購入履歴や領収書ダウンロード、クレジットカード決済のWeb明細、電子契約サービスで交わした書類、キャッシュレス決済アプリの取引記録などです。逆に、店頭で手渡された紙のレシートは電子取引ではありません。ここを混同して「うちは紙が中心だから関係ない」と考える方がいますが、ネット仕入れやサブスクの支払いが一件でもあれば、該当する部分が出てきます。

保存に求められる二本柱——真実性と可視性

要件は大きく2つに分かれます。真実性の確保は、データが後から改ざんされていないと示せる状態にすること。タイムスタンプを付す、訂正削除の履歴が残るシステムを使う、あるいは訂正削除の防止に関する事務処理規程を定めて運用する、といった方法が示されています。中小規模の事業者では、規程を作って運用する方法が現実的な選択肢になりやすいです。可視性の確保は、必要なときに画面や書面で見られること。ディスプレイとプリンタを備え、日付・金額・取引先の3項目で検索できる状態が基本形です。ただし基準期間の売上高が一定額以下などの場合は、税務職員のダウンロードの求めに応じることを条件に検索要件が不要とされる取扱いもあります。適用の線引きは改正で動くため、最新は国税庁の公表資料で確認してください。

調査の当日、実際にどこを見られるか

質問は「制度」ではなく「取引」から入る

調査官が開口一番に電子帳簿保存法の話をすることは、あまり多くありません。よくあるのが、経費の中身を確認する流れで「これは何の支払いですか」「元の請求書はどこにありますか」と進み、結果としてデータの保存状況に話が及ぶパターンです。だからこそ、制度の条文を暗記するより、支払いごとに証拠の在りかを言えるようにしておくほうが実用的です。

猶予の取扱いをどう理解するか

保存要件を満たせないことに相当の理由があると認められ、かつデータのダウンロードの求めと出力書面の提示に応じられる場合には、要件を満たさない形での保存が認められる猶予の取扱いがあります。ここで誤解しやすいのが、「猶予があるなら何もしなくていい」という受け止め方です。そうではありません。データ自体は残しておく必要があり、求められたら出せることが前提です。逆にいえば、フォルダ名を工夫して整理しているだけの状態でも、出せる限りは直ちに致命傷にはなりにくい。ケースによりますが、まったく残っていない状態との差は大きいと考えてください。

今から間に合う、優先順位の付け方

準備は完璧を目指さないほうが進みます。優先順位はこうです。第一に、金額の大きい経費から元データの所在を確認すること。第二に、メールやクラウドに散らばっているデータを一つの保存先に集めること。第三に、ファイル名を「日付_取引先_金額」の形に揃えること。これだけで検索性はかなり改善します。第四に、事務処理規程を整えること。国税庁はひな形を公表しており、それをもとに整えれば形は作れます。反対に、デメリットもあります。運用ルールを増やしすぎると続かず、途中で放置された履歴のほうが目立ってしまう。実は、そこそこの仕組みを毎月続けるほうが、立派な仕組みを三カ月で止めるより評価されやすいのです。

よくある質問

Q1. 紙に印刷して保存していたら違反になりますか？

電子取引データは原則データでの保存が求められます。ただちに罰則という話ではなく、まずは今後の運用改善が現実的な対応です。

Q2. 対応していないと、それだけで追徴されますか？

保存の不備が直接の追徴につながるとは限りません。ただ、取引の裏づけを示せないと経費が否認されるリスクは高まります。

Q3. 青色申告の承認取消しになることはありますか？

制度上は取消しの規定がありますが、保存不備のみで直ちに取り消されるとは限りません。個別事情によるため要確認です。

Q4. クラウド会計に取り込んであれば足りますか？

取り込み方によります。元データが保存され、日付・金額・取引先で探せる状態かどうかが判断の目安になります。

Q5. スマホで撮った領収書の写真でもいいですか？

紙の領収書のスキャナ保存は任意で、要件もあります。紙のまま保存する選択も引き続き可能です。

Q6. 検索できるようにするのは必須ですか？

原則は必要ですが、売上規模などに応じた免除の取扱いもあります。適用条件は改正が入る分野なので確認してください。

Q7. 過去の分まで遡って直す必要がありますか？

遡って完璧にするのは現実的でないことも多いです。まずは直近から整え、過去分は説明できる状態にしておくのが実務的です。

Q8. データが消えてしまった場合はどうなりますか？

取引先への再発行依頼や通帳・カード明細での代替説明を検討します。示せる材料が多いほど、話は進めやすくなります。

Q9. 対応が不安な段階で相談してもいいですか？

はい。調査の連絡前でも構いません。早い段階ほど、整える時間も選べる方法も多く残っています。

まとめ

税務調査で電子帳簿保存法が問われるかといえば、問われます。ただ本質は形式ではなく、聞かれた取引のデータを示せるかどうかです。義務の中心は電子取引データの保存で、スキャナ保存や電子帳簿は任意。猶予の取扱いはありますが、データを残し、求めに応じて出せることが前提になります。最後に、よくある失敗を3つ挙げます。1つ目は、紙に印刷したから安心と考えて元データを消してしまうこと。2つ目は、保存はしているが探せず、当日その場で出せないこと。3つ目は、完璧な仕組みを目指して着手が遅れ、結局何も整わないまま調査日を迎えることです。いずれも、早めに動けば避けやすい失敗です。制度は改正が続く分野ですし、税額や加算税の扱いも個別の事案で変わります。最新の取扱いは国税庁の公表資料で確かめつつ、判断に迷う部分が出たら、できるだけ早く、税務調査に強い税理士法人エール名北会計に相談してみてください。当事務所の代表・石曽根祐司は元国税で税務調査を専門に扱っており、自分の状況で何をいつまでに整えるべきかを、具体的に切り分けるところから一緒に確認できます。